Une hématocrite anormale (trop basse ou trop élevée) est toujours le signe d'une cause sous-jacente. Une hématocrite basse peut être causée par une perte de sang (saignement), une carence nutritionnelle (manque de fer, de vitamine B12 ou de folates), certaines maladies chroniques, ou une production insuffisante de globules rouges par la moelle osseuse.
Une hématocrite élevée peut être due à une déshydratation (le sang est plus concentré), à des maladies pulmonaires qui nécessitent une plus grande production de globules rouges pour compenser le manque d'oxygène, ou à des maladies de la moelle osseuse qui entraînent une production excessive de globules rouges (polyglobulie).